Los indígenas nativos del Ecuador, como los Caras y los Shyris fueron conquistados por el imperio de los Incas procedentes del Perú. El año 1526 fue importante para el Ecuador porque el rey inca, Huayna Cápac, murio y no djo su imperio a un hijo como marcaba la tradición, sino a dos Huascar de Cuzco y Atahualpa de Quito. En ese mismo año los primeros españoles llegaron al norte del Ecuador. La deteriorada situación entre los hijos de Huayna Cápac empeoro con el transcurso de los años donde guerra tras guerra, Atahualpa de Quito derroto a Huasca de Cuzco y se convirtió en el único gobernante del imperio Inca. Mientras que la expansión de los españoles al mando de Pizarro era rápida. A finales de 1532 se acordó un encuentro amistoso entre Atahualpa y Pizarro, si embargo Atahualpa fue secuestrado por el español con el fin de pedir una incalculable cantidad de oro por su rescate. Sin embargo de recibir lo solicitado, Atahualpa fue sometido a un falso juicio y sentenciado a muerte. Pese a ello, Rumiñahui siguió luchando contra los españoles y en 1534 prefirió quemar la ciudad de Quito y esconder en alguna parte del país el oro que aun sobra del imperio. Es así que otro español, Sebastián de Benalcazar fundo nuevamente la ciudad de Quito el 6 de diciembre de 1534.

A partir de 1535 comenzó la era colonial bajo la opresión española, donde la vida transcurría de manera cómodo para los gobernantes, mientras que los indígenas y mas tarde los mestizo era denigrante.

Después de algunos intentos, la independencia fue conseguida por Simón Bolívar y el Mariscal Antonio José de Sucre el 24 de mayo de 1822 en la batalla de Tarquí.